细菌性肠炎可用抗生素治疗。因细菌之抗药性逐渐改变，用药时需由医师指导，依医师处方服用。有的病人症状刚刚变好就停药，结果因用药不够，而发生慢性大肠炎，日久不愈，影响小儿之营养及健康。
要注意宝宝的精神状况和小便情况。需要先给宝宝口服调节肠道功能的药物，正常吃奶，保证奶量，防止脱水。如果宝宝出现了体温升高，精神不好，小便减少的情况需要及时到医院就诊，避免因为脱水而引起电解质紊乱，造成严重的并发症。
得了肠炎首先要找出得肠炎的病因，要补充液体，纠正电解质以及酸中毒，可以口服一些氯化钠、过氧化氢、还有葡萄糖酸钙溶液，也可以通过静脉注射一些葡萄糖药物进行处理。养成良好的饮食习惯，不要吃生冷的食物，一定要等到肉类等食物煮熟以后再吃。吃一些新鲜的瓜果蔬菜，补充维生素，增强免疫力。要注意休息，不要过度疲劳。
肠炎最主要还是慢慢调养，抗生素治疗后可适当用消炎药调理，基本没有快速治疗的方法，肠炎，特别是婴儿的康复正的需要时间。宝宝肠炎建议进行对症治疗，同时给孩子多喂温开水，注意腹部保暖，防止受凉。母亲要注意饮食清淡，不宜吃生冷刺激的食物。
得了肠炎的话，进行治疗时必须先查找出引发肠炎的原因。如果患者是因为细菌感染所造成的肠炎，那么要进行抗生素抗感染治疗。这是因为病毒感染所造成的肠炎，要进行抗病毒治疗。如果有并发消化道出血的话，要及时的补充血容量。
