早期发病症状跟感冒差不多，宝宝会出现发热、全身肌肉酸痛、倦怠乏力、食欲低下等症状。这时候往往被家长所忽略，认为宝宝只是不小心受凉得了个小感冒，不放在心上等到出现明显的神经系统症状时，病毒侵入了宝宝的中枢神经系统，已经属于比较严重的阶段了。
临床表现病毒性脑炎随病情轻重不一，轻型病例有轻微发热或头痛，过几天完全可能自愈。典型病毒性脑炎主要有三大症状：头痛、呕吐和脑膜刺激征。大多数宝宝会有呕吐，且是喷射性呕吐胃内容物。由于1岁以内的宝宝前囟门尚未闭合，前囟门隆起，可以缓解一部分升高的颅内压，所以，典型的脑膜刺激征出现比例较少。
病毒性脑炎通常可出现全身中毒的症状。
病毒性脑炎多发于夏秋两季，孩子较为常见，成人亦可发生，通常可出现全身中毒的症状，如发热，头痛，怕光，肌痛，恶心，呕吐，食欲减退等、浑身无力等，脑膜刺激征也可能会出现，较严重脑炎，患儿可出现癫痫发作和昏迷，其发病时间通常在1周以上，成年后病程可延续2周，还是更长久，需要及时治疗。
重度病毒性脑炎症状表现为病人意识改变、嗜睡、昏睡等，昏迷。
这些病例说明病人病情严重、愈后欠佳，而另一些病毒性脑炎则表现为头痛、发烧等，意识或人格的变化、轻偏瘫、偏盲、失语、神情呆滞、语言少，记忆力减退等，病毒性脑炎治疗就在于及早确诊，及时充分地处理。此外，经常做腹部按摩也能起到缓解疼痛的作用。若病人的病情严重，且救治不及时，易遗留后遗症。
病毒性脑炎是典型的病毒性脑炎患儿的前驱期表现为发热、恶心、厌食、呕吐、视物模糊、肌痛等症状。
随病情发展，患者可能会出现头痛、畏光、喷射性呕吐、惊厥、颈项强直、嗜睡、神志改变等脑神志受累。严重的患者会出现昏迷，惊厥持续状态，神经系统局灶体征，可能会出现偏瘫，锥体束征阳性，言语障碍认知障碍，颅内压高的患者会出现瞳孔大小异常，呼吸异常等，急性期一般会持续几天到三周，但是恢复缓慢，需要几周的输液来恢复，重度患者常会留下神经系统后遗症。