小儿骶骨弯曲尚未形成，直肠与肛管呈垂直状态，粪便直接压迫肛管齿状线肛窦处，易造成肛窦损伤感染发炎，小儿肛门周围尿布皮炎，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，导致皮下脓肿。加之婴儿免疫机能低、抵抗力差，皮脂腺相对分泌旺盛，也易导致肛周皮下感染，形成脓肿。
可能是全身或邻近肛门处化脓性感染，可以并发肛周感染，有人认为有些新生儿雄性激素分泌过多，刺激肛周皮脂腺，使其分泌旺盛导致继发感染。先天性肛瘘，由于婴儿处于特殊年龄时期，需要特殊的照顾，一定要多注意对婴儿的观察，避免疾病的发生，以免影响婴儿的成长。
肛周脓肿和机体的免疫力低下，长期一个姿势，便秘，以及局部有慢性炎症都有直接关系，是由于肛门周围皮肤皮下细菌感染，所产生的皮下脓性分泌物，需要及时采取一些敏感的抗生素，进行抗炎治疗，在治疗期间不要吃刺激性较大的食物，需要戒除烟酒。
人体的雄性激素水平特别高，尤其是男婴。所以婴幼儿的肛周脓肿多为小男孩。因为男婴处于一生中雄性激素水平特别高的时期，肛窦分泌非常旺盛，经常有渗液分泌出来，肛窦开口是打开的，这时候因为大便次数增多，细菌很容易进入肛窦里，引发婴幼儿肛周脓肿。小孩1个月左右最有可能发生肛周脓肿。
引起肛周脓肿的病因较多，绝大部分由肛腺感染引起，另外常见有肛窦炎，直肠内粘膜损伤后感染，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的引起感染。肛门直肠手术后也可引起肛周脓肿。
肛周脓肿是肛周的一个软组织感染。肛周脓肿是发生于肛门、肛管和直肠周围的急性化脓感染性疾病。感染源就是肛腺由于体内杂质在其中堆积，或者自身饮食作息不规律，而同时自身抵抗力下降，导致肛腺感染化脓，最后形成肛周脓肿。