出现发烧、腹泻的原因有很多，首先要明确病因，其次要做血常规，检查C反应蛋白，降钙素原等炎症指标，以了解是细菌感染引起的，还是病毒感染引起的，同时要做便常规检查，检查是否存在白细胞，是否存在轮状病毒。如果是细菌感染，可以选择三代头孢作为抗生素。如果是因为病毒感染引起的，可以使用抗病毒的药物，但要注意补充水分，避免脱水。
通常情况下，小孩发烧又吐又拉肚子可以通过药物进行治疗。
2岁以下小孩发烧伴有呕吐、腹泻的可能是轮状病毒感染。首先要做大便常规、血常规、轮状病毒检测，确定发热、呕吐的病因。如果是轮状病毒感染，可以服用利巴韦林，或者是双黄连注射液，如果是呕吐比较严重的，可以服用一些补液，如果是呕吐的，可以通过输液来补充水分和电解质。痢疾患者可用氨苄西林或头孢类药物进行抗感染治疗。发烧时可与布洛芬退热联合使用。
可以口服治疗感冒发烧的药物，需要多喝水，防止脱水现象发生。若是孩子高烧不退，精神比较萎靡，腹泻严重，需要到小儿科和急诊科就诊，给予静脉输液对症治疗，需要纠正电解质紊乱。
小孩发热，腹泻呕吐，多见于急性肠炎。是因为饮食不合理，食用腐败变质、受污染、不宜消化的食物，所导致的细菌或者病毒感染。急性肠炎的一般症状有腹痛、腹泻、呕吐、发热甚至脱水。
小儿发烧伴腹泻一般是胃肠道感染引起的，胃肠道感染后会出现腹泻症状，若感染症状较重则会表现出发热。出现发热腹泻症状应注意小儿喂养，对腹泻较重的患儿应注意补水，增加饮食中水分。此外严重腹泻容易引起电解质紊乱，所以需要补充钾、钙、镁等电解质，喝口服补液盐，可以服用药物止泻。若小儿发热较重，还需要增加退热治疗，预防高热惊厥症状。
小孩发烧完拉肚子是正常的，可以直接补充正常生理性细菌，调节肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人具有潜在危害的菌类。由肠道菌群失调引起的急慢性腹泻、习惯性便秘等引起的胃肠不适。