菌群失调是导致吃益生菌拉肚子的主要原因，可以遵循医嘱口服乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等药物来平衡肠道菌群。注意补充水分，以防电解质紊乱，出现脱水症状。可以少量服用益生菌，益生菌能够促进肠道菌群的消化，排出肠道内的毒素和垃圾。多吃膳食纤维，促进肠胃蠕动，有利于消化吸收，每餐七分饱，吃饭要细嚼慢咽养成良好的饮食习惯。
如果宝宝不排便的时间比较短，那应该考虑胃肠功能紊乱引起，可以从喂养方面给予适当的调整，采用少量多次的喂养方式，两次喂奶中间适当的给宝宝多喝水，按摩腹部改善胃肠功能。如果持续的时间比较长，除了口服调节脾胃的药物进行治疗以外，还需要进行进一步的检查排除一下肠道的先天发育异常。
如果宝宝吃了益生菌后呕吐，此时建议顺时针按摩宝宝的腹部，增加胃肠蠕动，帮助消化吸收，如果宝宝喝奶粉，也是有必要的。让宝宝多喝温开水，避免生火，因为奶粉营养价值很高，而且脂肪含量很高，此时，如果不让宝宝喝足够的水，很容易引起火灾。
通常来说，吃益生菌拉肚子建议进行一般治疗。
吃益生菌拉肚子是一种很常见的生理现象，但当细菌的数量达到一定程度时，这个症状就会消除，所以建议在餐后使用。可以通过服用诺氟沙星胶囊来改善腹泻的症状，在腹泻的时候要适当补充水分，避免出现电解液失调和脱水现象。建议每日饮用一份酸奶，其中的有益菌含量比较高，对霉变细菌的繁殖也有一定的作用。日常生活中要多注意饮食的搭配。
宝宝腹泻可能与益生菌调整胃肠功能有关的，注意坚持口服一周时间调整胃肠功能，同时注意避免着凉。注意饮食卫生。母乳喂养的宝妈要注意忌口，避免油腻，刺激性食物，凉性水果，以及含酒精的食物与饮品。
益生菌是可以继续再吃的，主要是调理肠道菌群，如果腹泻次数频繁，可以用进行缓解，然后隔半个小时，在使用肠道益生菌，调理大便成型就可以停用，益生菌可以继续吃3到5天。