引起卵巢囊肿的原因主要以下几个因素：遗传因素，20%～25%有家族史；内分泌因素，临床上很多基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果；此外还有生活方式因素以及环境因素。
轻微的多囊卵巢或者偶尔排卵的情况下有了性生活，是能够自然怀孕的。多囊卵巢是女性常见的妇科内分泌疾病，其中一个很重要的影响会引起排卵障碍，所以多囊卵巢是常见的引起不孕的因素。但是并不意味着多囊卵巢无法自然怀孕，多囊卵巢只是提示女性受孕的概率比较低。多囊卵巢自然怀孕一定要与多囊卵巢所引起的月经推迟相鉴别，避免造成怀孕的漏诊。多囊卵巢怀孕以后一定要注意早期观察，定期孕检，观察胎儿的生长发育情况，避免发生早孕流产。
内分泌失调，使得卵泡中的物质处于异常，无法正常发育，卵巢排卵也会出现问题，会有大量的分泌物流出，诱发多囊卵巢的发生。主要表现为稀发排卵或者不排卵，雄性激素增高，经过B超检查双侧卵巢呈多囊性改变，每个卵巢当中都有12个以上的卵泡，每个卵泡都不发育成熟，病人往往会有体重增加、多毛的现象。
造成多囊卵巢原因，肾上腺功能异常，女性若是出现肾上腺合成街体激素出现紊乱，会使得肾上腺皮质功能的过分亢进，从而造成过量的分泌雄激素，则会引起无排卵症状的出现，从而导致多囊卵巢的产生。下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常。
卵巢多囊样的改变和多囊卵巢综合征不是一种疾病。如果做B超的时候看到卵巢是多囊性的，月经是正常的，又有正常的排卵，没有影响怀孕，这是不需要治疗的，是正常的生理现象。如果做B超的时候，看到是卵巢多囊同时伴月经不正常，不孕，或者是有痤疮，多毛的表现，这就是多囊卵巢综合征，这种疾病是终身性的疾病，也是一种代谢性的疾病，是没法治疗的，所以是不好治疗的。
