手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿复发时，疼痛，巧克力囊肿病患会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病患因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育。痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。
该因素是常见的卵巢囊肿的病因，卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。所以认为与内分泌失调有关。另外，来例假时生气，一生气例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
巧克力囊肿有腹痛、腰痛或下肢疼痛，肿瘤浸润或压迫周围组织。如果盆腔静脉压缩，下肢可能会肿胀。如果是功能性肿瘤，就会出现相应的或高雄激素性巧克力囊肿。巧克力囊肿也可能发生在女性卵巢，右下腹疼痛也应与囊肿或其他的妇科疾病如盆腔炎性病区分开来。
巧克力囊肿不复发主要有两种办法。第一种办法就是做手术，将病灶全部切除。这种办法几乎是不可行的，因为手术将巧克力囊肿切除的太彻底，容易对卵巢造成太大的破坏，引起卵巢的衰退。第二，人工闭经。在临床当中主要是选用激素类药物，比如米非司酮或者是醋酸亮丙瑞林等药物。
