可以吃一些具有清热解毒，利尿通淋作用的中药，对输尿管结石的治疗也是有一定帮助。输尿管结石单纯的使用中药治疗效果就不理想，这时候大部分病人需要进行手术治疗。
输尿管结石的外科手术包括经尿道的输尿管镜碎石取石术以及腹腔镜或开放的输尿管切开取石术。输尿管中下段的结石，可选择经尿道输尿管镜手术；输尿管上段的结石，可选择输尿管软镜手术；若微创腔内技术无法处理的输尿管结石，则选择腹腔镜或开放的输尿管切开取石。无论哪类外科手术治疗输尿管结石，治疗效果均较好。
输尿管结石依据结石大小、部位及有无合并症治疗方式不一，结石＜0.6cm，没有合并症，可通过多喝水、多运动等排石治疗将结石排出，或是服用排石药物。结石较大，合并梗阻、感染，可行微创手术。微创手术损伤较小，出血较少，优于开放式手术。
如果输尿管结石小于0.6个厘米，这个时候可以选择保守的疗法，比如说多喝水、多运动、配合一些药物的治疗，当这结石它的大小比较大的时候，或者说结石的形态不光滑，要选择另外的方法了，比如说体外碎石，或者微创手术的方法。
输尿管结石可以考虑行冲击波体外碎石术，也可以考虑行输尿管镜腔内碎石术，这种微创手术方式来解除泌尿系结石的症状。患有输尿管结石，可能会引起剧烈的腰腹部疼痛以及恶心、呕吐等消化系统症状。
输尿管结石手术，常见的就是输尿管镜钬激光碎石、输尿管切开取石、腹腔镜切开取石以及经皮肾镜手术碎石取石，这些手术都需要麻醉，手术后都需要留置DJ管在输尿管内支撑，所以这些手术后患者不能有效的排尿，所以必须要留置尿管。