巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
卵巢巧克力囊肿，是子宫内膜异位到了卵巢引起的。直径在5厘米以下。囊壁容易反复形成小的破裂，破裂后囊内容物刺激局部腹膜及卵巢呈炎性反应，导致卵巢破裂处与周围组织黏连，导致卵巢固定在盆腔内。时间长了，还会引起输卵管粘连阻塞。一旦确诊是卵巢巧克力囊肿，还是尽早手术，防止时间长影响输卵管功能，影响生育。中医治疗效果不太好。
如果不I治疗，那么输卵管出现堵塞，卵巢囊肿会影响卵巢的正常功能，不能正常的进行排卵，同时体内激素水平也会失衡，破坏卵巢大部分组织，诱发输卵管堵塞。还会引起内分泌紊乱，卵巢器官在女性身体中是很重要的，一旦病变，就会使其临近的器官出现感染，破坏整个机体内部的循环。导致内分泌系统失调。
巧克力囊肿需要大约半个月的时间来恢复怀孕前的身体，并且疾病会在怀孕后恢复正常。手术后准备的妊娠越早，妊娠的可能性就越高。经过一段时间后，疾病复发了。此外，这种疾病的复发率很高。随着时间的推移，怀孕的能力会逐渐下降，手术后是最容易的时期。
巧克力囊肿可以吃核桃，饮食宜清淡，并注重营养均衡，少吃过热性的食物，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性、海产品等。应该常吃牛奶、菠菜、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。核桃火气大，含油脂多，吃多了会令人上火和恶心。
应该谨慎适量吃桑葚，可少量食用。但是脾胃不好，体质虚寒，或对桑葚过敏者是不能食用桑葚的，以免引发疾病。平常不要吃辛辣刺激生冷的食物，应该多喝温开水，规律作息，少熬夜。
