发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
原因有很多比如，慢性炎症刺激，也有一些环境因素影响，还有生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的机能下降。、内分泌因素等，都会引起。需要及时治疗，多注意休息，劳逸结合，避免不必要的检查，注意卫生。
卵巢巧克力囊肿的发病主要原因与分娩，多次流产等有关，产后脱落的子宫内膜种植在宫颈、阴道、盆腔内，以及反复的人工流产术，通过负压吸引至盆腔内。另外，妇科的某些小手术，如输卵管通气或通水，宫颈电烫、冷冻等，都可能使月经期脱落的内膜在此种植，日后形成子宫内膜异位症。内分泌因素、炎症因素、子宫内膜因素，压力过大等都是导致卵巢巧克力囊肿的诱因。
卵巢是生成卵子并排卵、调节内分泌激素、平衡内分泌之器官，若是内分泌受到影响很容易导致卵巢出现问题，进而引起卵巢巧克力囊肿的发生。频繁的性生活。一些女性在房事上不加以节制，频繁的性生活或者频繁的更换性伴侣会加大性生活强度，长期如此也会引来一些疾病，比如卵巢巧克力囊肿，多发生于青春期少女或更年期妇女身上。
引起原因：内分泌失调所致：卵巢是产生卵子并且排卵、内分泌激素、平衡内分泌的一个重要生殖器官，而左附件巧克力囊肿的问题高发于内分泌旺盛的生育年龄。生理因素影响：巧克力囊肿是因为月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片而导致引流不畅，从而不能使碎片经由阴道排出，而影响其从阴道流出的，有阴道闭锁、子宫颈口狭小、子宫颈口年龄等，都是导致巧克力囊肿发生的原因。
有不注意性生活的原因，尤其是在月经期间很容易引起月经返流，从输卵管进入卵巢生长，尤其是较多的血容量女性更容易出现月经返流。卵巢功能退化，会出现局部免疫缺陷，在月经期间刚好逆流进入卵巢子宫内膜碎片无法正常清除，最终在卵巢生长并引起巧克力囊肿。
