卵巢巧克力囊肿有效治疗方法是腹腔镜剥除术。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，子宫内膜生长在子宫腔内，受女性激素影响，每月脱落一次，形成月经。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型，随着病情的发展，病人可能会出现痛经，持续性下腹疼痛，月经失调，不孕和性交痛等。
卵巢巧克力囊肿没有最佳的治疗方案，要病人具体状况来选择个性化的治疗，如果病人没有生育要求，症状比较轻微时，可以选择不进行任何的治疗，观察就可以。如果症状比较严重，则根据患者的需求选择手术或者是药物性闭经。
卵巢巧克力囊肿疾病最突出的症状就是痛经，会让出现经期腹痛的感觉，而且性交的时候也会有可能出现疼痛感，所以说出现疼痛的感觉就应该警惕起来，一般还会伴有不孕的症状出现，月经改变也比较明显，需要及时确诊和治疗，防止疾病加重很关键。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
巧克力囊肿属于良性病变，对身体没有很大的影响，可以不做治疗或用中草药调理，一般也没有什么特效药，有必要时可以考虑手术切除，巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的其中一种，要高度重视积极正确治疗。西成药物治疗复发几率高，可考虑中成医药物保守治疗。
卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。