一般呈褐色，巧克力囊肿又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。子宫内膜是生长在子宫腔内的，受体内女性激素的影响，每月要脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随着经血逆流经过输卵管进入到盆腔，种植在卵巢表面或者盆腔的其他部位形成异位的囊肿。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
这种疾病又叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变，是指子宫内含有陈旧性血液和朱古力差不多，患有这种疾病大多数人都是属于良性肿瘤，但是也不排除会病情会恶变。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，被称为巧克力囊肿，因为含有长期沉积的血液呈褐色，像浆糊和巧克力。子宫内膜异位症的发病机制仍不确定，可能是由以前的异常妊娠行为引起的，如流产和异位妊娠。也可能是由精血回流等因素造成的。
卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
一般所说的生理囊肿多指，黄体囊肿，或者黄素囊肿，或者滤泡囊肿，多为女性一个月的生理变化过程，由生理变化所引起的，例如黄体囊肿，则是在排卵后，黄体峰值期，因黄体素持续分泌，从而形成潴留囊肿，但随着月经的来潮，下次月经的开始，黄体峰值期的衰退而消失或者缩小。
