卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是异位的囊肿长到了卵巢上，每次月经时也会剥脱出血，反复积攒一些陈旧性的血液，类似液体的巧克力，所以称之为巧克力囊肿。如果巧克力囊肿体积较大，或者由于一些外力或其他原因导致破裂，破裂后囊肿内的液体流出，就会对腹膜产生较大的刺激，因此会出现剧烈的腹痛。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，是指子宫内含有陈旧性血液和巧克力差不多，主要是因为子宫内膜脱落，形成月经，月经周期反复脱落，可有局部的出血现象在卵巢里形成了积血，最后导致了巧克力囊肿的产生。初期的巧克力囊肿可采用药物治疗，并密切的随访复查，注意卵巢囊肿的变化。严重的卵巢囊肿者要给予手术治疗。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
巧克力囊肿症状：痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。在不孕的女性中，子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
巧克力囊肿一旦破裂就会使得输卵管被堵，导致卵巢的排卵功能无法正常运行，降低受孕几率。积血流到盆腔就会使得出现小腹疼痛、月经不调、性生活疼痛等现象，并且导致盆腔器官粘连在一起，引起腹膜炎卵巢巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。卵巢巧克力囊肿虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。
一般所说的生理囊肿多指，黄体囊肿，或者黄素囊肿，或者滤泡囊肿，多为女性一个月的生理变化过程，由生理变化所引起的，例如黄体囊肿，则是在排卵后，黄体峰值期，因黄体素持续分泌，从而形成潴留囊肿，但随着月经的来潮，下次月经的开始，黄体峰值期的衰退而消失或者缩小。
