巧克力囊肿的主要原因是因为患有子宫内膜异位症，在卵巢周围的子宫内膜发生出血不断的积聚就慢慢形成了巧克力囊肿。这种囊肿手术治疗后很容易复发。建议在手术治疗的同时使用药物进行人工绝经的治疗。
巧克力囊肿又称为子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变，是指卵巢囊肿内含陈旧性积血，呈褐色，黏稠如糊状，似巧克力。多数病患无明显临床症状，往往是体检时无意发现而就诊。少数病患表现为痛经、月经不调、患侧疼痛、不孕等。一旦明确诊断，对囊肿进行切除。
卵巢巧克力囊肿危害还是非常大的：1、导致水肿，影响生活：卵巢囊肿者除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。2、引发流产、难产：早孕时引起流产，中期妊娠时易导致卵巢蒂扭转，晚期妊娠时囊肿较大者会造成胎位异常，引起难产。
巧克力囊肿一旦出现破裂很有可能会出现迅速粘黏的情况，而且还会引起病情恶化可能会转变为恶性肿瘤建议平时的时候一定要注意避免腹部受到外部物质的重击如果一旦出现破裂还有可能会导致子宫多部分发生感染引起病情的恶变。
巧克力囊肿发生破裂时液体流到盆腔或输卵管，本身粘稠又排不出去就造成粘连了。痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交出现疼痛感也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。在所有不孕的女性中，由子宫内膜异位造成的不孕占有很高的比例。
这种轻度的可通过生活和饮食习惯进行纠正和调理，缓解恢复机体代谢能力；对于中度需通过药物调理，对卵巢进行药物干涉，使其正常排卵。多囊比较严重的则需要考虑手术治疗。所以多囊卵巢的应对措施必须的针对性的，切勿盲目做出不恰当的治疗措施。
