巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，主要是子宫内膜移位到卵巢而形成的巧克力囊肿。治疗的方法只有手术或者是绝经疗法来治疗。巧克力囊肿手术以后，为了防止复发，术中会冲洗盆腔，都是用药物让三个月不来月经，来达到预防复发的目的。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
要常吃碱性食物以防止酸性废物的累积，因为酸化的体液环境，是正常细胞癌变的肥沃土壤，调整体液酸碱平衡，是预防肿瘤的有效途径。养成良好的生活习惯，不吸烟，不饮酒。不要过多地吃咸而辣的食物，不吃过热，过冷，过期及变质的食物。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
卵巢子宫内膜异位囊肿又名卵巢巧克力囊肿，也是较为常见的卵巢囊肿。是由于子宫内膜异位波及卵巢，在卵巢内形成巧克力样粘稠液体的囊肿。病人常有进行性加重的痛经、性交痛、不孕以及月经失调。巧克力囊肿可采用药物或（和）手术治疗（保守性或治疗性）。迄今为止，除治疗性手术外，尚无一种理想的治疗方法。
巧克力囊肿复发时，疼痛，巧克力囊肿病患会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病患因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育。痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。
