通常情况下，巧克力卵巢囊肿是子宫内膜异位症。
是指子宫内膜与卵巢发生异位所引起的一种囊肿。子宫腔内的内膜剥脱后呈暗红色，像是巧克力，这种情况出现在卵巢上，称为巧克力状卵巢囊肿。巧克力卵巢囊肿属于双侧，女性在月经期间会有左右下腹疼痛，这是痛经的症状。如果卵巢巧克力囊肿比较小，疼痛比较轻微，可以通过适当的镇痛来减轻；如果是巧克力性卵巢囊肿比较大，可能会出现蒂扭转，但术后很可能会出现复发。
巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
巧克力卵巢囊肿的危害是可能发生扭转，或是窥破，造成腹膜炎。所以巧克力卵巢囊肿一经发现就要到公立医院及时治疗，以免对身体造成危害，严重者影响生活质量，危及生命安全。
较多见的生理性卵巢囊肿是月经周期中正常的卵泡持续生长，这种囊肿通常不会引发健康问题，也很少导致身体疼痛不适，一般在2~3个月经周期会自行消失，不需要进行治疗。如果反复出现生理性卵巢囊肿，女性患者就要及时去医院做性激素六项检查，同时也要改善自己的生活方式，改善饮食习惯，避免吃辛辣刺激性食物，避免吃富含激素的食物。
一般情况下，生理性卵巢囊肿可以采用以下方式来去除：
患有生理性卵巢囊肿，没有出现明显的不适症状，可以暂时不治疗，进行临床观察。生理性囊肿一般会自己消失。患有生理性卵巢囊肿，如果囊肿很大，有腹胀、腹部疼痛等症状，可以进行穿刺。生理性卵巢囊肿如果在短期内增加的幅度很大，可以进行手术来切除。患者可以根据自身的实际情况，选择适合自己的治疗方式。
生理性卵巢囊肿也就是黄素囊肿，囊肿一般不会太大，多在妊娠三月后自行消失，少数人囊肿可能较大发生破裂引起腹腔内出血，还有些人发生囊肿蒂扭转，病理性的不会消失，这两种情况都伴有突发剧烈腹痛，严重者伴有休克症状。应该注意腹痛的，有不适感及时到医院就诊，没有不适也不要为囊肿担心。
