子宫内膜薄的原因有雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障碍和生长激素缺乏等；或者是内膜损伤，粘连和缺如等。如果雌激素水平低，可以做人工周期调理内分泌情况，并且平时可以多喝豆浆多吃豆制品，补充雌激素。
子宫内膜薄，主要是卵巢功能不好引起的。卵巢主要是分泌体内的各种性激素。内膜主要是靠卵巢分泌的雌性激素来增长。一般需要调理3到6个周期，平时营养丰富，饮食搭配合理忌吃辛辣油腻食物。
子宫内膜薄是因为有的人先天性子宫内膜薄，其次如果是激素水平低，会限制子宫内膜增生及修复，孕激素水平高也会导致子宫内膜薄。去医院做个妇科经彩超，首先看子宫内膜的厚度及卵泡大小数目，看有无占位性病变。也可以查性激素六项评价卵巢功能。
妇产科经常性的宫腔操作本身就可能损伤子宫内膜，操作不当可能造成永久性不可逆的内膜伤害，有人工流产史，人工流产手术不当，子宫内膜搔刮过度、人工流产后继发感染均可能导致子宫内膜永久性损伤，形成日后的薄型内膜。急性或慢性宫腔感染均可导致子宫内膜基层的破坏。
一般初潮龄较迟或初潮后经量过少，第二性征出现较迟，月经后雌激素分泌不足，常见的症状有行经期短、经量极少、甚或点滴即净、色淡红、兼有头晕耳鸣、腰酸腿软、足跟痛等症状。适量的雌激素、孕激素可以在一定程度上增加子宫内膜的厚度，改善子宫内膜薄的症状；多次药流，或者人流动作过重都可能引起子宫内膜薄；子宫发育畸形也是子宫内膜薄的一个原因，但长期以来一直别人们忽略。
先天因素，部分女性子宫内膜先天偏薄，宫腔的操作，有流产史的女性、存在宫腔操作史，容易造成宫腔粘连或子宫内膜的损伤，子宫内膜结核，结核病毒易侵害生殖器官，造成子宫内膜结核，侵蚀子宫内膜，导致其逐渐变薄。
