子宫内膜异位症的治疗应根据年龄、症状、病变部位和范围、生育要求等因素综合考虑，才能制定治疗方案。轻症者可无需治疗，定期随访；月经期间出现轻微疼痛者可给予止痛等对症处理；有生育要求者轻者可先行药物治疗，重度可行保留生育功能的手术治疗。
子宫内膜异位症有西医手术治疗与中医保守治疗。手术治疗：分保守手术及手术两种。年轻或尚需保留生育机能的女性，可行子宫内膜异位囊肿剥除术及病灶切除术为保守手术；对不要再生育的女性，可行全部子宫及病灶切除，保留一侧或双侧部分卵巢，术后辅以药物治疗，复发率较低；近绝经期的妇女可行手术，行全子宫、双卵巢、输卵管切除术以及病灶切除术可避免复发。
首先对于子宫内膜异位症，中西药治疗都是一个非常好的方法。可以采用一些激素的方法进行治疗但是长期使用激素会导致机体的一些所还对肝脏和肾脏具有损伤性。有的时候还可能出现骨质疏松的症状。子宫内膜异位症的时候要在医生的指导下进行正确和准确的治疗，早期的治疗师防治女性复发的一个很重要的条件。不及时的治疗会影响女性的身体健康。
轻微子宫内膜异位症可用物理疗法，高热病人可推拿降温或酒精浴，或下腹部超短波、红外线照射等。还可用针刺疗法，体针，主穴，关元、气海、三阴交。配穴，气冲、蠡沟、足三里、阴陵泉，行中刺激，不留针或留针15分钟。
治疗可采用下面的方法。假孕疗法：用孕激素类药物，以更大的剂量不间断地长期服用，使得月经停止来潮，子宫内膜及异位的子宫内膜在药物作用下发生类似妊娠的反应。保守性手术治疗：年轻、没有子女，手术时一般只将内膜异位的病变切除，而将子宫和正常卵巢组织保留下来。
治疗常见方法有以下几种。对症治疗：年轻的女性有痛经，查体，盆腔无明显包块，给予短效的口服避孕药物。假绝经疗法：使用促性腺激素释放的药物，强烈地抑制卵巢的功能，使其几乎完全失去作用，从而达到治疗目的。
