巧克力囊肿是可以通过妇科检查的方式来判断巧克力囊肿的主要发病部位，对于子宫内膜异位症的病人来讲，是很容易产生触痛感的，巧克力囊肿的直径会小于十厘米左右。可以通过腹腔镜检查。
巧克力囊肿是严重的。巧克力囊肿是因为卵巢巧克力囊肿随着病情的延长，当囊腔内的积血过多，压力过高的时候就会发生破裂。囊肿破裂以后流到盆腔内的积雪会刺激腹膜，引起剧烈的腹痛，并可造成盆腔器官的粘连。
巧克力囊肿可能会长大。囊肿是会长大的。囊肿是一种良性的疾病，一般多发生在肝脏和肾脏的实质内，囊肿有囊肿壁，能够分泌囊液，所以时间长了以后，囊肿的体积可能会慢慢的增大。小的囊肿可以进行随诊，也就是进行观察。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
