胚胎停育的原因有很多，具体原因现在医学也没有明确。影响胚胎发育的原因有很多，比如环境因素，饮食因素，情绪变化，或者是精子质量有问题，或者是有没有多囊卵巢综合症等。所以在下次怀孕后，一定要注意这些原因，都检查看看。
胎停育的因素比较常见的有：生殖内分泌方面(包括黄体不足，多囊卵巢)；男方精子质量的好坏子宫和卵巢功能的问题，子宫体积大小是否有畸形等；支原体衣原体的问题；是生殖免疫的问题等。
生殖内分泌方面，因为胚胎早期发育的时候，需要三个重要的激素水平，一个是雌激素，一个是孕激素，一个是绒毛膜促性腺激素，如果母体自身的内源性激素不够，就会造成胚胎的停育，生殖免疫的问题，如果自身有某种抗体，就会抵制胚胎的发育。
出现胚胎停育时乳房胀痛、恶心、干呕或尿频早孕反应会减轻或消失，其次可有阴道出血、腹部不适症状，但少数女性可没有典型的症状。胎停育是指胚胎发育到一个阶段发生了死亡而停止继续发育的现象。
导致流产的原因很多，除了胚胎本身原因后，还有子宫环境，内分泌状态及其他因素等，尤其是孕妇的营养均衡和心理因素都会有影响。目前已经怀孕，就要注意多休息，加强营养，远离有污染的环境，尽量避免到人多的地方，积极做好各种产检，保持良好的心态孕育宝宝。
引起胎停育的原因很多，如染色体，月经不调等原因，如果有过胎停育的情况再次怀孕之前需要检查以下项目，男性的精子活力及形态学检查；女性优生优育四项或六项；免疫全项（抗精子抗体、抗子宫内膜抗体、抗人绒毛促性腺激素抗体、抗心磷脂抗体）检查，通过白带常规筛查滴虫、霉菌、支原体、衣原体感染、阴道炎症等。