巧克力卵巢囊肿可采用的腹腔镜微创术治疗卵巢囊肿卵，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型。其中，卵巢巧克力囊肿又占80％左右。卵巢巧克力囊肿病变可只累及一侧卵巢，但约有50％以上的病人会累及双侧卵巢。随着病情的发展，病人可出现痛经、持续性下腹疼痛、月经失调、不孕和性交痛等病症。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，如果不及时治疗，囊肿会不断增大，威胁女性生育，甚至会导致女性不孕，所以积极治疗是关键。巧克力囊肿手术治疗效果比较好，一般治疗时间在月经干净后的3-7天，要做好术前准备，具体需要按照医生的指导来进行。
巧克力囊肿能彻底治疗好吗：用一些药物进行治疗，出现痛经，考虑跟巧克力囊肿有关系，是在医生指导下用一些药物进行调理，具体能否治疗，完全治疗，现在还不能确定。是在医生指导下进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
以及治疗预后不一样，中医与西医见解不同，西医认为子宫内膜异位症属于雌激素依赖性疾病，治疗采取口服类雄性激素药，不同年龄不同生育要求治疗建议中医认为该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉，影响冲任，致使经血不调，运行不畅，影响水液代谢，痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键。所以要慎重根据自身的状况来选择治疗。
