巧克力囊肿复发时，疼痛，巧克力囊肿病患会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病患因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育。痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
巧克力囊肿复发时，会有疼痛感，巧克力囊肿病人会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病人因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育、痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。
轻度巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。常见的有痛经、下腹痛、经期发热，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重，性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显，还会出现不孕及月经失调等症状。
该因素是常见的卵巢囊肿的病因，卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。所以认为与内分泌失调有关。另外，来例假时生气，一生气例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
短期内可出现腹胀、腹部肿块、腹水等恶性巧克力囊肿。恶性巧克力囊肿有腹痛、腰痛或下肢疼痛的症状，肿瘤浸润或压迫周围组织。如果静脉压缩，下肢可能会肿胀。如果是功能性肿瘤，就会出现相应的或高雄激素性巧克力囊肿的症状。
