巧克力囊肿的早期症状有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重。性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。不孕及月经失调。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是较好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，是需要考虑手术，不是不想手术，就可以避免的，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。
巧克力囊肿有很多种临床表现，其因人而异，症状与月经周期密切相关。有25%病人无任何症状。主要症状包括疼痛、盆腔疼痛、盆腔肿块、月经异常、不孕及其他临床症状。因此痛经不是诊断巧克力囊肿的必要症状。另外还有慢性盆腔痛和性交痛。急腹痛常常是由于巧克力囊肿破裂引起的。巧克力囊肿的另一主要症状是月经异常。
巧克力囊肿的症状常见的有痛经、下腹痛、经期发热等多种，作为子宫内膜异位症的一种，巧克力囊肿除了含有子宫内膜异位症的症状外，还具有自己特定的症状。子宫侧后方可触及活动差的包块，提示合并有卵巢巧克力囊肿，应引起注意。
巧克力囊肿通常会出现月经不调、痛经、性交痛和不孕不育等症状，早期的月经一般还是正常的，随着病情的发展逐渐出现月经不正常和痛经的变现。囊肿破裂可有剧烈的刀割样下腹痛，甚至昏厥。其次是性交疼痛。
轻度巧克力囊肿又名卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。常见的有痛经、下腹痛、经期发热，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重，性交疼痛也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显，还会出现不孕及月经失调等症状。