先兆流产发生的病因主要有，染色体异常，染色体异常是流产的主要原因，染色体异常包括数量异常及结构异常两大类。又或者是母体原因，包括全身性疾病，全身感染时高热，可诱发子宫收缩，引起流产，还有一些已知的病原体感染，孕妇心衰、严重贫血、高血压、慢性肾炎及营养不良，均可导致先兆流产。
先兆流产胚胎发育一般正常，子宫大小与孕周相符，具体指妊娠20周以前，阴道少量出血或同时伴有腰酸、腹痛、下坠等现象。中医称先兆流产为胎漏，胎动不安，进而发展，可有坠胎、小产之虞。大多数孕妇胎儿停止发育后无明显症状，部分孕妇可能有见红，一般无腹痛，这也是与先兆流产不同之处。
女性在怀孕期间身体患有某些疾病，如流感、肺炎等传染性疾病，那么这些细菌病毒会侵害胚胎从而导致胎儿中毒。若女性的内分泌失调，如甲状腺、脑垂体功能下降，这会导致子宫发育不良，从而无法为胚胎提供良好的生长发育的环境，甚至会对胚胎的发育产生危害，这都会造成先兆流产。
胚胎本身或遗传基因问题，精子和卵子成功结合成受精卵后着床发育，首要条件必须精子和卵子都是健康的，如果夫妻双方或一方有生殖系统的炎症，可能会导致精卵本身异常，这样的胚胎是不能继续成长的，这是自然界优胜劣汰的法则。还有，染色体非正常化等遗传问题，也会造成胚胎本身的变异，容易造成先兆流产。所以，夫妻双方的身体健康，良好的生活习惯以及孕前科学检查就显得尤为重要。
孕妇的感染病、高烧、严重贫血、严重营养不良、放射性、有毒物质接触和生殖道畸形如双子宫、子宫肌瘤等易导致先兆流产。引起先兆流产的原因是比较多的，比较常见的是因为在怀孕早期孕妇体内孕酮低引起的。另一个比较常见的原因就是因为胚胎发育不良导致的自然淘汰。
