一般情况下，输尿管软镜治疗肾结石的方法是：经尿道经输尿管软镜进入膀胱，经患侧输尿管膀胱开口处插入软镜至结石肾一侧输尿管，软镜通过输尿管进入肾盂，用钬激光碎石清除结石，取出碎石后退镜；采用膀胱镜将“双J管”插入输尿管，以保证输尿管的通畅，防止残余结石堵塞输尿管。输尿管软镜碎石对于小于2cm的肾结石有很好的效果，但是对于太大的结石，可能效果不是很理想。
软镜手术首先要麻醉，麻醉后消毒、铺巾。留置膀胱内尿管，在直视下将输尿管硬镜插入膀胱，然后插入输尿管，在输尿管内放置斑马导丝，然后退出输尿管镜，再通过输尿管内放置的斑马导丝，放入输尿管内的送达鞘，通过钬激光将结石击碎，然后将结石冲洗出来，拔出输尿管软镜，在导丝的引导下放置双J管，拔除输尿管送达鞘和尿管，手术则结束。
软镜手术应该是经输尿管软镜碎石治疗，是利用一条细软管镜，经过尿道、膀胱插入输尿管，将输尿管结石或肾脏结石击碎取出，若是结石直径超过零点六厘米就很难通过药物排石治疗了，直径在零点六至两个厘米的结石可以考虑进行体外碎石治疗。
开放性手术：兴起于80年代，是早期的肾结石手术治疗方式，常见的有肾盂切开取石、肾实质切开取石、输尿管切开取石等；微创碎石取石治疗：常见的有硬性输尿管镜碎石取石术、输尿管软镜碎石取石术、经皮肾镜碎石取石术等，是近几年较主流的手术治疗方式。
肾结石在临床上十分常见，对于较大的肾结石，一般直径在2cm以上的结石，需要采用微创手术来进行取石和碎石手术，这种手术方法被称作经皮肾镜肾结石碎石取石手术。该手术的方法是在腰部皮肤穿刺，经过皮下组织、肾实质进入肾盂内，然后用扩张鞘将通道扩张，当扩张到一定程度时，置入镜鞘，在镜鞘的帮助下把肾镜通过镜鞘送入到肾盂内，然后在镜子的直视下用激光或者用超声将结石打碎取出。
肾结石治疗方法常用的是手术治疗，手术治疗分为很多种。对于肾脏结石以及上尿路结石，一般通过经皮肾镜手术进行治疗，该手术的方法主要是在超声或者射线定位的情况下穿刺皮肤进入肾脏肾盂内，扩张建立通道，把肾镜经通道插入到肾盂内，在激光或者气压弹道的作用下，打碎结石。输尿管镜手术是经过尿道，膀胱，输尿管把输尿管镜送入结石的部位，将结石打碎。