肾盂结石根据结石大小不同，治疗方法不同。肾盂结石小于1厘米，一般多饮水，服用药物，作蹦跳运动，多能排出体外。肾盂结石超过1厘米，首先考虑体外碎石治疗。体外碎石治疗无效或过大的结石，考虑手术治疗。
肾盂结石的治疗，一般治疗，大量饮水及调节饮食。药物治疗，主要包括积极改善症状:疼痛者给予解除疼痛;应用排石药物，直径小于5～6mm很可能自行排出;碱化尿液治疗。外科治疗，主要方法有。体外震波碎石(远端无梗阻者)、经皮肾(输尿管)切开取石术(巨大或复杂结石者)、开放性手术治疗(肾盂输尿管连接处狭窄并结石、全无功能脓肾、结石引起癌变、或体外碎石失败者)。根据结石的不同情况选取相应的治疗。
肾盂结石应该结合结石的大小，决定怎样治疗。如果结石小于0.5cm，可以多喝水，服用相关药物，适当运动，可以有效的促进结石排出。如果结石大于0.5cm，小于1.5cm，可以做体外震波碎石，可能需要1-2次才能将结石击碎，排出体外。如果结石大于1.5cm，小于2.0cm，可以行输尿管软镜手术。
肾结石合并肾盂肾炎，肾盂肾炎是上行性尿路感染的一种类型，使用抗生素抗感染治疗，同时根据结石的大小再采取合适的碎石方式。平时注意休息，避免油腻及辛辣刺激性饮食，多饮水。
如果长在肾盂里可以通过手术治疗，也可以通过碎石治疗，结石的大小与肾结石如何治疗有密切的关系，结石大，手术治疗的效果是较好的。结石偏小的情况下，可以考虑吃些排石的颗粒来治疗，不过还是在医生的指导下安全用药。
宝宝出现肾结石时，要注意避免出现肾积水、急性肾功能衰竭等情况。
要注意多吃少喝，一般情况下宝宝会很快康复。对于小儿患有肾结石，应根据结石的大小、部位、临床症状、肾盂是否有尿路积水等情况，若结石仅有黄豆大小，且结石位于肾盂内，建议应用体外冲击波碎石。如果是在肾盏出现了结石，那么可以先不要治疗，要多饮水，一旦出现了肾积水，就要立即进行治疗。在儿童阶段，这些结石并不是很常见的，与成年人相比，很难表现为腹胀，而扩散性的和反胃的表现则比较常见。
