阴茎短小根据不同的年龄阶段采取不同的治疗方式，对于18岁以下的男性患者，阴茎还有发育的空间，暂时以保守治疗为主，对于18岁以上的男性患者，阴茎基本上发育已经成型，可以做阴茎延长手术治疗。
阴茎短小，先去医院抽血化验性腺系列。如果正常，最常见病因就是手淫和包皮过长，尽快彻底戒掉手淫，手淫导致发育期发育不良或者停止，阴茎海绵体挫伤，阴茎越来越短小，增加营养，多吃高蛋白食物，牛羊肉，海参，另外包皮过长、肥胖也是阴茎短小病因，如果有包皮过长割掉包皮，肥胖必须减肥，对发育期阴茎发育有好处。
只是在心理方面有一些影响，自己总觉得很小，对性生活有影响，其实没有影响的。避免思想包袱。只有通过心理调节，或者饮食，每晚睡前每次15分钟或用温热毛巾紧裹阴茎，并用双手反复搓揉，每晚15分钟，自我康复疗法。
阴茎短小早泄可以通过手术治疗。阴茎勃起的长度大于三厘米，就属于正常的范围之内。大部分的人都属于正常的，早泄服用一些中药，也可以用一些降低龟头敏感度的药物，饮食上可以吃一些补肾的食物。
肥胖的人因为阴部脂肪较多，从而覆盖并阻塞了阴茎，使阴茎显得很短，实际上阴茎并不真的很短。也不需要阴茎延长手术等治疗。主要原因是肥胖。应该加强体育锻炼来消耗体内多余的脂肪。同时，人们应该节食，多吃蔬菜和水果，不要吃太油腻的食物。只要减肥成功，阴茎就不会变短。