经皮肾镜和软镜，两种手术方式都好。都有自己的优点和缺点。软镜没有创伤，通过人体的自然通道，可以进入肾脏的上盏、中盏和下盏，可以将结石击碎，排出体外。但是软镜也有缺点，碎石的效率比较低，软镜比较昂贵，软镜手术费用就比较高，软镜碎石过程中容易出现发热等。而经皮肾镜对于大的结石效果就非常理想，彰显出经皮肾镜的优势，可以通过大通道，将结石快速击碎，通过经皮肾镜的通道，排出体外。
一般情况下，肾结石软镜碎石后排石可能会痛，具体内容如下：
如果患者有肾结石，在进行输尿管软镜碎石术后，体积比较大的结石可能已经被取出，但是，患者体内体积比较效的结石仍然需要随着尿液排出体外，这个排出结石的过程中有可能会导致患者出现疼痛的感觉。但这种疼痛通常并不剧烈，患者一般可以耐受，甚至有部分患者没有察觉到疼痛感觉。
对于肾结石的病人临床上比较常见的手术方式是进行经皮肾镜手术，在经皮肾镜手术之后往往需要进行肾造瘘管的留置，因为留置肾造瘘管首先可以对肾脏内的尿液进行充分的引流，另外留置肾造瘘管也有助于观察手术之后病人引流的液体颜色变化。肾脏出血严重，肾造瘘管引流出的尿液往往是血性的，这样有助于观察手术后一些严重的并发症出现，当出现的时候可以及早的通过观察造瘘管流出的颜色，然后做出及早的处理。
肾结石做经皮肾镜手术疼，经皮肾镜碎石术是泌尿外科常用的手术技术，适应于长径＞2cm的肾结石，尤其鹿角型结石。术前首先需要建立皮肾通道，术中需要借助气压弹道碎石，通过纯物理击打将结石击碎。
对于肾结石经皮肾镜手术，往往两个小时以内就可以完成，对一些比较小的肾结石可能在半个小时，甚至几十分钟就可以完成，对一些比较大的结石，比如整个肾脏都充满了结石，像柱形结石，可能时间就会比较长，有的甚至还需要进行几个通道，可能时间就会更长，但是大部分一般还是控制在两个小时左右。
经皮肾镜碎石术或经膀胱输尿管镜碎石术或超声碎石术前的心理护理可以减轻焦虑和恐惧。术后应观察尿漏、出血、甚至肠管穿孔等周围脏器损伤等并发症。增加体育活动.除多饮水外还要增加休育活动如跳跃等使结石易排出。