肾结石疼痛部位主要表现在腰背部疼痛为主，具体位于腰椎及肋骨的交叉处，疼痛比较剧烈，会有恶心、呕吐，部分病人有腰背部胀痛的感觉。如果结石位于肾盂及输尿管上段，表现就是输尿管嵌顿区域绞痛，伴有明显的恶心，呕吐，尿频，尿急及血尿等。如位于输尿管下段，疼痛向会阴部或者大腿根内侧放射。
肾结石疼痛的部位和结石的部位有关系。如果结石是在肾脏，是腰区疼痛，就是脊柱两侧腰痛。如果有小结石排到输尿管，可以出现腹痛，腹痛的性质比较剧烈，呈绞痛性质，可以伴有向会阴部放射。
肾结石如果在肾里不移动，可以没有任何症状，如果结石在肾里移动，或者石头由肾里掉到输尿管，造成肾的疼痛。呈钝痛，结石在肾里刺激肾脏出现腰痛，有人甚至有血尿等症状。
结合病人的情况为肾结石疾病，可以出现腹部疼痛及肾区的疼痛，需要采取彩超检查证实的，其次就是需要采取静脉肾炎的检查，出现积水需要采取手术治疗的，其次就是需要采取碎石处理的。
通常情况下，肾结石更容易引起患者的疼痛，尤其是腰腿疼痛。
肾结石有疼痛一般情况下都属于正常现象。患者有疼痛，应该及时去医院检查，同时也应该接受正规治疗。肾结石发病初期，若是形成急性梗阻的话，那么就会引起腰部疼痛较为剧烈，要及时去医院做详细检查，以明确结石具体病情，之后再对症治疗一些。如解除输尿管痉挛止痛药物等对症处理，此痛可有减轻。与此同时，对于肾结石也要积极的治疗，只有把肾结石完全的排干净了，这样的痛苦才能得到完全的治愈。