如果按体外碎石，小结石按体外碎石在八百到一千元左右，一次碎石，结石碎成小的颗粒排出。如果用输尿管镜，小的结石不是很大，碎石效果不好，用输尿管镜，这些腔镜检查的成本可能在上万块钱。如果要用经皮肾镜，单次的也要上万块钱。开放手术，如果其他地方没有条件做经皮肾镜或者是输尿管镜，如果要开放切开取石，费用也在一万到一万二左右。
是经皮碎石取石治疗，花费大一些，不同的医院花费也不尽相同，到当地医院泌尿外科进一步咨询，术后多饮水，多排尿，多运动，辅助以排石类中成药辅助排石治疗。治疗的费用各个地区差异的不大的。
开放性手术：兴起于80年代，是早期的肾结石手术治疗方式，常见的有肾盂切开取石、肾实质切开取石、输尿管切开取石等；微创碎石取石治疗：常见的有硬性输尿管镜碎石取石术、输尿管软镜碎石取石术、经皮肾镜碎石取石术等，是近几年较主流的手术治疗方式。
手术时前手术以及麻醉师会告手术大概需要多少费用，一般在2000元到5000元。目前肾结石手术的方式主要有两类，一类针对的是大于两厘米以上的结石，首选是做经皮肾镜碎石取石手术。另外一种针对的是小于两厘米的结石，考虑做输尿管软镜碎石。
一般情况下，肾结石的微创外科治疗方法和费用都是有区别的。在三甲医院的肾脏镜下腔内，有2600元的外科手术和2000元的麻醉费。经过输尿管软镜下的钬激光碎石，要做3000元的手术，要进行全麻。经皮肾结石的治疗是在腰椎处开一个1cm的人工开凿的小孔，以便进行结石清除。输尿管的软镜下，使用的是微创技术，不需要制作人造肾脏，而是通过尿道进入输尿管，进入肾脏。建议患者结合自己的实际情况来选择合适的手术。
通常肾结石的手术仍属大手术，尽管创伤相对较少，但操作仍有一定困难，因此，对肾结石手术通常属大手术范畴。
对手术进行分级，通常可划分为4个等级，一级手术与二级手术通常都是小手术，而且肾结石的手术通常属于三级或四级手术的范畴，因此，肾结石的手术通常属大手术。在手术过程中如果患者出现了严重的并发症，就会对其造成非常大的影响，因此必须要采取一些措施来保证手术的顺利进行。肾结石的手术虽属微创手术范畴，有的甚至可无手术切口，或手术切口相对狭小，主要仍须视手术难易程度和手术等级来决定手术类型。