由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，对患者，应考虑手术治疗。饮食上可以吃冬虫草炖胎盘，具有很好的补气益血的工效，对畸形精子症、阳痿、遗精、盗汗、肺结核等都有很好的疗效。
戒除不良嗜好：忌烟忌酒、忌辛辣刺激，适量运动并保持充足睡眠，避免不良嗜好损伤睾丸功能，导致精子畸形；消除环境因素：远离辐射、污染等居住环境，避免过多接触化工原料；改善疾病因素：积极治疗包括睾丸炎在内的炎症，以及精索静脉曲张。可以服用中药调理，吃补肾益精的中药。
精子畸形应该来说去当地医院检查下在医生的嘱托下，进行积极治疗，服药期间不吃辛辣刺激的食物，平时多喝水，不要吸烟喝酒，不要熬夜，多锻炼，增强身体免疫能力，放松心态，注意休息。
首先要到医院去做一个细菌敏感性实验，以便于确定究竟是哪一种致病菌引起了炎症，然后再选择抗菌素进行治疗，精子畸形这种病是可以康复的，比如常见的生殖道感染导致的精子畸形可以使用强力药物进行治疗，经过这种药物服用，两个星期之后精子就可恢复正常。当然，如果精子畸形是因为精索静脉曲张而导致的则需要通过手术加以治疗。
升精子质量、改善精子畸形需要补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质这三个物质。服用三个月的口嚼片来补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质，蛋白锌蛋白硒可以提高精子活力和精子质量，而蛋白质辅助配合能够促进精子生成，增强男性免疫力。三个月再去当地正规医院做检查，以及康复护理工作。