精子畸形后最大危害会导致受孕困难，当出现严重畸形精子症时，做人工授精或试管婴儿时，可能出现受精率低或完全不受精情况等。较特殊类型，即较少遇到圆头精子症，精子头部缺乏顶体，称为完全圆形精子，该的精子和卵子无法结合，无法受精。
精子畸形危害家庭幸福、孕育出新的生命体，是夫妻生命以及爱的传承，如果男性因为精子畸形，而导致男性不育或者是生育质量差，可能造成夫妻间的感情受影响，危害家庭的幸福。严重的时候，还会导致家庭破裂。
精子畸形影响生育质量，即使勉强受孕，也会给胎儿带来不良影响，如胎儿畸形，或者是胚胎停育，影响生育质量。精子畸形危害家庭幸福，如果男性因为精子畸形，而导致男性不育或者是生育质量差，可能造成夫妻间的感情受影响。严重的时候，还会导致家庭破裂。
畸形精子一般不会有什么外在的症状，通过肉眼也无法看出来精子畸形，正常男性体内也会有畸形的精子，通常在30%以内，精子畸形率过高（高于50%）则会严重影响到男性的生育，要注意及时治疗。需要去医院进一步检查才能查出病情病因。
患上精子畸形的症状一般有1、主要症状：患有畸形精子症很可能会影响生育，导致不育。2、可引起全身不适：见倦怠乏力、纳食不香、腹胀闷，或腰膝酸软，伴有精索静脉曲张，可有睾丸坠胀表现。3、局部症状：部分患有畸形精子症的男性会出现性功能障碍。
