小便的时候尿道疼痛是因为有尿道炎症性疾病，普通的尿路感染、淋菌性尿道炎、非淋菌性尿道炎都会出现这种症状。常见感染的病原体由阴性杆菌、金黄色葡萄球菌、淋病奈瑟菌、沙眼衣原体、解脲支原体等，应该去医院做一些相关的检查。
孕期小便的时候尿道疼痛，跟急性膀胱炎有一定关系。急性膀胱炎属于急性尿路感染的一种类型，急性膀胱炎比较常见的临床症状是尿频、尿痛等膀胱刺激症状，甚至会出现肉眼血尿的情况。
坐月子期间小便后尿道刺痛，通常是泌尿系统感染导致的，很有可能是急性膀胱炎引起的。急性膀胱炎发病比较突然，会有明显的尿频、尿急、尿痛，排尿时尿道有烧灼的感觉，排尿终末膀胱区可能会有坠胀不适。
小便时尿道刺痛是泌尿系统细菌病毒感染也可引起尿道刺痛，如淋病由淋球菌感染导致，表现为尿道口红肿、流脓，排尿时有刺痛、灼热感。滴虫病由寄生虫感染，有尿道外伤史，造成尿道损伤或断裂等。
来月经小便时尿道痛可能是尿路感染引起的。
月经来时，卫生巾则可使疾病显著滋生，并引发尿道发生炎症，临床可造成尿频、尿急、尿痛等表现。因此，建议月经期要经常更换卫生巾，并每日2次用温水洗外阴，使局部保持清洁，以免避免感染，并建议月经期多喝，这可能导致尿量的增加，反复冲洗尿道。
此外，应该注意合理饮食，多吃新鲜的蔬菜和水果。
小便时尿道很痛考虑有泌尿系感染发生的可能，应该尿常规检查，查看是否有白细胞增多，杂菌感染的情况，还需要适当的多饮水，多排尿，排尿的过程是尿道的自身清洁过程，要注意保持外阴的清洁卫生。