精子畸形的原因有很多，比如一些泌尿生殖系统感染，当发生泌尿生殖器的感染的时候，精液中的营养成分会减少，会使得精子发生畸形或者死亡。体内某些激素水平分泌不平衡，也有可能会导致畸形率增高。吸烟是一种不健康的习惯，同样会导致畸形精子发生率增高。酗酒也会造成精子畸形同时还可以造成性欲冷漠，阳痿早泄等性功能方面的障碍。
酗酒、吸烟会导致精子畸形，泌尿生殖系统感染，内分泌紊乱，化学制剂、环境污染以及辐射等因素，都很可能会造成精子畸形的发生。睾丸炎、睾丸及附睾结核病、精索静脉曲张等，还有应用激素或某些化学药物，放射线照射，长期酗酒及不良生活习惯等，都可以导致精子畸形。
精子畸形的原因有很多。首先吸烟会导致精子畸形，且精子畸形的数目与吸烟时间成正比，吸烟时间越长，精子畸形的数目就越多；还有内分泌失调、泌尿生殖系统感染也是造成精子畸形的一个主要的原因，严重时更会导致精子直接死亡；酗酒也会损伤精子，导致精子畸形。除此之外，长期蒸桑拿，使睾丸处于一个高温环境下，也会导致精子畸形；还有环境污染，长期使用手机、电脑等电子产品时接受的辐射，也都会导致精子畸形。
精子畸形的原因主要是泌尿生殖系统的疾病，比如尿路感染，精索静脉曲张，睾丸炎等，这些病因只要能够得到很好的治疗，精子畸形的情况就能够得到恢复，形成正常的精子，精子畸形、长期吸烟、饮酒、接触有害物质所致。
男子精子畸形造成的原因有不良生活习惯，如吸烟、饮酒等；环境因素，工作或生活环境有辐射、污染，或过多接触化学。疾病因素，如附睾炎或精索静脉曲张，导致代谢废物损伤睾丸。温度因素：睾丸长时间处于高温环境，如久坐、开车等，易导致精子畸形。
造成精子畸形的原因有：泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等可导致畸形精子增加，典型的是双头精子。使用激素或某些化学药物，如抗癌药、利血平、马利兰、呋喃类等，可使精子不成熟。一些急性疾病及物理、精神作用也可致精子发生畸变。