阴茎痛可能是各种外伤、蚊虫咬伤、丘疹或是任何表皮外伤、生殖器表皮感染，阴茎部位受到了刺激所导致，以及性交过度这些都是其疼痛的病理诊断，常伴有尿道炎，前列腺炎等。
各种外伤、蚊虫咬伤、丘疹或表皮外伤。性交过度。生殖器皮肤感染。前列腺炎常引起阴茎疼痛，可能因为阴茎受到感染或受刺激导致。尿道炎和淋病主要通过性行为传染产生疼痛症状。
可出现糜烂及溃疡，并且具有带有特殊气味的黄色脓性分泌物。严重者可发生阴茎头坏死。部分患者在急性期后出现尿道粘连和狭窄，导致排尿困难。反复感染可使阴茎或包皮的头部变厚。由于长期刺激包皮垢，阴茎头也可能发生阴茎癌。
隐匿性阴茎手术后一般不会复发，但要避免肥胖，但如果是由术后引起的症状，一般会导致局部肿胀以及疼痛等症状，很有可能是由于血肿引起的疼痛，应及时进行再次检查治疗。
生物电反馈治疗，利用生物电刺激盆底肌群，提高盆底及其周围肌群组织细胞的活力，改善局部血液循环，增加病灶组织的新陈代谢，加速炎性渗出物的吸收、消散。药物治疗，消炎药物来进行治疗，改善目前情况和症状物理治疗。