精子畸形应该到正规的家三级医院治疗：由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，对病患，应考虑手术治疗。2、治疗高畸形率精子症所致不育症应根据引起畸形精子的原因，消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。
精子畸形主要是由于生活环境影响、男性缺锌和蛋白质等所导致的，所以只要远离不良的生活环境影响，及时补充锌和蛋白质就可以改善，临床治疗上主要是通过口服育之緣片来改善的。治疗期间注意戒烟酒，坚持每天运动，多吃蔬菜水果。
平时可以适当吃点鳝鱼、山药、苹果等食物，对改善精子质量有一定效果。注意做好日常的饮食和作息调养，定期复查。不要吸烟喝酒。人的精子三个月循环一次，坚持三个月的锻炼身体和吃番茄红素、维生素。
改善精子畸形需要补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质。可以服用三个月的药物口嚼片来补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质，蛋白锌蛋白硒可以提高精子活力和精子质量，改善精子形态，而蛋白质辅助配合能够促进精子生成，提高男性免疫力。
精子畸形会严重影响男性的生育功能，很多男性都会存在畸形的情况，一般精子畸形率小于96%就是正常的。不过日常生活中要注意调理，避免吸烟、醺酒熬夜等不良习惯，平时多运动，多喝水。