怀孕40天，孕囊大小应该在2厘米左右。孕40天流产胚胎还没有成为人形，看不到成形的胎儿，只是一个白色的绒毛组织。如果把流产的孕囊放到清水里，绒毛会漂浮起来。孕囊大小在2厘米左右。孕40天胚胎发育还不稳定，容易发生流产。不能剧烈运动和重体力劳动，而且流产后应该复查一下B超，看流产是否完全，流产不全需要行清宫手术。
不好的胚胎一般会在怀孕的45至50天左右出现流产的情况。
如果存在女性卵泡质量不佳，或者男性精子质量异常的情况，在怀孕之后，胚胎的质量可能就不是很好。而胚胎的质量不好，就容易导致在怀孕的45至50天左右出现流产的情况。还有的的会在怀孕的8至10周左右出现胚胎停止发育的情况。所以在怀孕之后，应该定期进行产检，明确胎儿的发育情况，出现异常后积极进行治疗。
可能会有类似于痛经的轻微疼痛。药物流产的时候，在服用合适药物后会引起子宫收缩和宫颈软化，这时候就会出现明显的腹部疼痛表现，这是由于子宫收缩而引起的宫缩痛，跟顺产生孩子的疼痛比较，只有顺产疼痛的一半。而普通人流手术的时候，由于会用扩宫器来扩开宫颈口，因此这时候的疼痛只有顺产时的2/5左右。
流产出来的胚胎会放入专用的医疗垃圾袋里，送到专门的地方销毁。
女性在做完流产手术后，需要多注意休息，不用担心流产后的胚胎，医生会进行处理。术后一个月内不得进行性生活，保持良好心态，不要剧烈运动，可以多吃一些有营养的食物来促进身体恢复。术后15天左右就可以前往医院复查，排除宫腔内存有残留物的情况，如果有残留物，还需要再次进行清宫处理。
胚胎组织是白色的，绒毛组织似棉絮，自然流产一般出血量比较多和月经量差不多或者是多于月经量。如果没有看见明显的胚胎组织，而出血量又比较多的情况下，可以做妇科彩超检查明确一下是不是自然流产或者不全流产。
胚胎着床的时候一般是在怀孕二十天左右的时候，这种时候还属于怀孕早期，所以很容易出现流产，一般胚胎刚刚着床就流产，孕妇会出现阴道不正常流血的现象，并且孕妇还会出现腹痛的现象，对孕妇身体健康的危害很大。