一般情况下，怀孕初期卵巢囊肿治疗要根据囊肿的性质和患者的症状决定。
1.如果囊肿直径在5cm以上，一般需要进行手术治疗，避免卵巢囊肿破裂引起急腹症。
2.如果是良性的生理性囊肿，囊肿直径在5cm以下，患者没有明显的临床症状，一般不需要特殊治疗。
日常生活中，应注意个人卫生，饮食清淡，作息规律，多休息，保持良好的心态，注意合理运动，增强自身的体质，有利于身体健康。
怀孕初期卵巢囊肿不适的问题，考虑可能是跟激素分泌异常有关系，可能是存在感染的问题，容易对孩子的健康发育产生影响，定期的做孕期各项检查，观察胎儿的发育情况，合理的饮食，适当的增加营养，满足身体的生理需求。
孕妇体内的雌激素和孕激素水平会改变，从而导致生理性的卵巢囊肿，在妊娠前没有，在妊娠后会出现，多半是生理性的卵巢囊肿。
正常情况下，只要不超过3cm，就不需要做特别的处理，因为右侧卵巢囊肿会自动消失，所以要定期做B超检查，以了解囊肿的发育；如果右侧囊肿大于5cm，那么卵巢囊肿有可能会对子宫造成挤压，从而影响到胎儿的生长。
怀孕初期检查有囊肿可通过以下方式进行处理：
妊娠早期发现有囊肿可能是妊娠期间伴有的附件囊肿。妊娠伴有附件囊肿通常是一种良性的疾病，其病因包括内分泌功能失调、遗传、环境等。如果囊肿体积小，没有任何的临床表现，基本不会对怀孕产生什么不良的影响。如果妊娠时有严重的附件囊肿，伴随着孕周的延长而发生腹部疼痛，甚至会对怀孕造成一定的阻碍。如果囊肿的大小或者妊娠时的症状比较严重，可以在妊娠三个多月后进行适当的处理。对于高度怀疑恶性肿瘤的患者，应该尽早进行手术治疗。
怀孕前做过体检，没有发现双侧卵巢有囊肿的情况下，怀孕之后发现卵巢有囊肿，考虑可能是，卵泡释放之后卵巢形成的黄体，卵子受孕之后，形成合体滋养胚胎，滋养细胞分泌的人绒毛膜促性腺激素下，促进黄体继续增大，转变为妊娠黄体。
如果是卵巢囊肿的话，你还是要进行系统的治疗，中医保守去治疗。根据患者病情来看的话，囊肿还是比较大的，多考虑卵巢囊肿。平时注意观察，也有个别孕妇会出现黄体随着怀孕的子宫逐渐长大而发生蒂扭转的可能。