如果诊断出药流失败，可以尝试再次应用药物，将残留的组织排出来。如果还不能流出来，必须要进行清宫手术。否则遗留在子宫内的妊娠组织会造成感染、出血、不孕等一些严重的后果，甚至威胁生殖器的健康，甚至还会造成生命威胁。
药流失败一般要进行人工流产。
药物流产是一种常见的流产方式，一般是在米索前列醇注射后6个钟头内，没有出现明显的腹部疼痛和阴道流血，也没有将子宫内的卵泡取出，因为药物流产的原因，可以选择人工流产。在药物流产的那天，没有进食，可以做无痛人工流产。如果还不想继续进行人工流产的话，可以在后部的后部塞三颗米索前列醇，观察能否引起子宫收缩，从而将孕囊取出。
一般情况下，药流失败可以考虑采取人工流产的办法，具体内容如下：
药物流产是一种通过服用药物从子宫中取出的方式来结束怀孕。服用药物后2-4个小时可以排出。药物流产不成功，需要先进行B超，确定怀孕的部位。如果孕囊的部位没有变化，说明是对药物的不敏感，可以进行人流手术。孕囊卡顿发生于宫腔下方或宫颈部时，可用前钳夹取。这个术式较为容易完成，病人也不需要太过担心。
人工流产是避孕失败的补救措施，人工流产指的是因意外妊娠，疾病采用人工方法终止妊娠。人工流产对妇女的生殖健康有影响，做好避孕工作，意外妊娠，是计划生育工作的真正目的。
一般来说，药流失败生下孩子畸形率不高。
孕妇使用米非司酮、米索前列醇进行药物流产，但是都没有什么效果，没有流血，没有腹部疼痛，甚至连孕囊都没有脱落，那就说明药物流产失败。而药流不成功，胎儿畸形的几率很低，因为药物流产失败往往就是药物对胎儿的作用不大，导致胎儿无法从子宫中取出。但是因为药物流产的药，会对胎儿造成一定的伤害，所以医生会建议放弃这个孩子。
药流不全或者是药流失败以后，都需要采取清宫手术来进行对症处理，不然非常容易导致后期大出血的严重后果。清宫手术以后需要常规性的消炎和活血化瘀治疗，定期复查彩超，观察一下子宫恢复的情况。