导致胎儿畸形的原因有很多，孕前夫妻双方作息时间不规律，吸烟、喝酒、吸毒、父母双方或者其中一方染色体异常、胎儿自身因素、怀孕期间接触致畸因素或者有毒有害的物质、环境等，都可能导致胎儿畸形。
胎儿在三个月时最容易畸形。
在孕三个月时，受精卵的细胞分裂和繁殖比较旺盛。一般在孕22-26周做四维彩色多普勒超声，观察胎儿内脏是否发育异常。平时不接触有害、有毒的气体或物质和药物，平时注意防护，预防感冒，可有效避免因胚胎发育起的畸形的发生。一般情况下，会在怀孕的前三个月开始服用叶酸。叶酸能有效预防胎儿畸形的发生，适当的补充很重要。
胎儿12周以后就不会容易畸形。
由于女性在怀孕12周以内通过使用高蛋白和富含维生素的食物时，能促进胎儿的生长发育，使用的叶酸也会助于胎儿健康成长。怀孕12周以后，胎儿器官系统形成，药物或化学物质对胎儿就不会有太大的影响，但也要避免接触有害物质，以免胎儿受到不良影响。
建议患者在日常生活中，要保持室内空间空气清新，注重饮食清淡。
怀孕前3个月最容易畸形，在临床上被称为致畸敏感期。因为怀孕前3个月是胎儿各个器官、系统发育的关键时期，也是身体各个系统完成其初始结构的关键期。因此，在怀孕前3个月应格外注意。建议孕妇应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行检查。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
孕十二周内胎儿还没有发育成型，比较容易畸形，引起胎儿畸形的原因很多，主要有遗传因素、病毒感染比如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒、风疹病毒等、放射线、毒物和毒气、药物、叶酸缺乏等，所以为了优生主张有计划的备孕。
胎儿发生畸形的几率也是比较低的，大多数孕妇不会发生胎儿畸形的情况。不过如果在怀孕期间盲目服用药物或者接触到有毒有害的物质，就可能会出现胎儿畸形的情况。
