有明确病因的，治疗原发病；无明确病因的：治疗的根本原则是恢复和提高精子的功能，增加精子内部营养以及减少精子的氧化损伤，使用的主要药物有肉碱类和维生素类。肉碱类可以提高副睾功能，提高精子成熟度，减少精子的损害；而维生素类药物有强大的抗氧化作用，可以减少体内变化带来的损伤。
可以多吃一些富含锌硒元素的食物，比如牡蛎，海产品，豆制品，坚果类等食物。也要注意锻炼身体，增强体质，保证充足的营养，改掉不良的生活习惯，不要过度手淫，不要吸烟喝酒。
低精子畸形率平时生活中应该多吃富含锌硒的食物对改善精子畸形效果比较好，及时补充蛋白锌硒有助于提高精子活力，增加精子数量，提高精子质量和免疫力，降低精子畸形率，提高男性生育能力。另外，还要戒烟酒，忌食辛辣刺激性食物。
可适当的吃一些含锌食物，比如牛肉、牛奶、花生、马铃薯；以及含氨基酸的食物，比如鳝鱼、泥鳅、鸡肉、紫菜等。另外值得注意的是，少精症、精子活力差要查明病因并进行对症处理，饮食调理只是辅助作用。
精子畸形多吃抗氧化的水、食物，如多吃绿叶蔬菜，多吃含维生素丰富的食品，多吃水果，包括含饱和脂肪酸较多食物，如坚果类食品等。同时调整不良生活方式，纠正可能会导致畸形精子发生的因素，如减少在高热环境、电焊环境、少接触重金属。