治疗慢性附睾炎一般可以进行药物治疗、手术治疗。
1.药物治疗：慢性附睾炎主要是由于急性附睾炎没有完全根治，并且经常复发。慢性附睾炎的临床表现比较轻微，检查时会发现附睾部位有硬结，局部有压痛感，附睾不平滑，精索可能会变得更粗，此时可以口服敏感的抗生素，多喝一些水，这样可以有效的缓解病情。
2.手术治疗：但是，如果复发或者是抗感染的药物无效，可以选择手术摘除。
附睾炎是一种感染性疾病，附睾炎的病因与外邪入侵和肝郁气滞有关，治疗上也应该辨证治疗，从急性和慢性两个方面出发。急性附睾炎可以用泻肝汤一类，随症加减药物，以清热解毒利湿为主。慢性附睾炎可以以疏肝软坚散结为主。
治疗慢性附睾炎目前并无明确的治疗方案，慢性附睾炎单纯应用抗菌药物效果不一定理想。若有慢性男性同志的前列腺炎，必须同时进行治疗。同时应重视男性同志的前列腺的综合治疗。抬高阴囊、局部热敷、热水坐浴等。
慢性附睾炎应根据细菌培养及药敏试验选择药物。局部热敷或理疗，以促进炎症消退。对于反复发作的慢性附睾炎，可考虑附睾切除或输精管结扎，平时应该吃一些抗菌消炎的食物和吃清热解毒的食物，还有能增强免疫力的食物。
附睾丸出现有炎症有可能是因为之前手淫过度的频繁，诱发了细菌性的感染，再加上没有及时的治疗，时间久了之后是会出现有这样的表现的，所以自己是要及时的用药物控制，输液消炎，相对的来说是可以更好的恢复，而且内裤那些都是要穿的宽松透气一些，才不会容易感染的。
西医治疗一般采用抗生素治疗，效果并不理想，附睾手术切除对身体的损害较大。可以选择中医药物治疗，如：中药口服，局部热敷治疗，中药坐浴，抬高阴囊等。同时注意避免诱发和加重的因素，如房事过度、长时间坐骑等，按医嘱用药，坚持疗程治疗。