隐睾手术中精索上的囊状物有可能输尿管囊肿脱垂，输尿管脱垂又称输尿管囊肿、输尿管膨出，指输尿管末端呈囊性向膀胱内膨出，膨出的外层为膀胱黏膜，中间为三角区浅肌层的薄层肌肉及胶原组织，内层为输尿管黏膜。输尿管囊肿可开口于膀胱内或异位开口于膀胱颈或更远端。
影响生育能力，导致生育能力下降或不育，因腹腔的温度较阴囊温度高1.5-2.5℃，睾丸长期停留在腹腔内，可因温度过高而导致生精功能障碍，出现生育能力下降，双侧隐睾可致不育症。隐睾可合并恶变，隐睾恶变的几率较在阴囊内正常睾丸高约10-40倍左右，隐睾位置越高，发生恶变的几率越大。
隐睾的严重表现为不育。隐睾是指睾丸或阴囊不正常，婴儿出生后就可以看见阴囊一侧或双侧发育不良；或是阴囊空虚、睾丸缺失，阴囊上方腹股沟管隆起，可触及睾丸。隐睾的恶变几率明显高于正常睾丸。隐睾易受外伤、发生睾丸扭转，导致自卑情绪。
隐睾症可以单侧发生也可以双侧发生，更常见于一侧，通常没有自觉症状。主要表现为受累阴囊明显发育不良，受累侧阴囊空腔，仔细检查未触及睾丸。单侧隐睾表现为左右阴囊不对称，两侧阴囊扁平，同时要多注意观察身体的情况，有任何的不适，要及时上医院进行治疗。
隐睾手术后肯定会疼痛，主要就是伤口疼痛，隐睾手术是小的手术，手术创面也不是特别大。对于儿童疼痛可能就比较明显，建议疼痛时可以给予小儿退热栓，一般3分钟左右可以明显地缓解疼痛。