这是由泌尿生殖道感染、生殖内分泌异常或精索静脉曲张引起的。首先服用药物进行治疗。精液应做相关病原微生物检查，血液应做性激素检查，阴囊彩色多普勒超声应进一步明确病因，然后进行病因治疗。
如果是有精索静脉曲张等先天性疾病，可能需要做手机才能治疗。畸形精子症可通过补充生物锌来解决。造成畸形精子的原因主要是因为男性吸烟、喝酒或摄入某些重金属，还有辐射等导致的生精细胞生精异常，都会造成精子畸形率高。除了自身要消除前面说的这些不利因素外，补充生物锌解决是目前比较常用的解决办法，男性可以直接服用育之緣口嚼片来补充生物锌，通过生物锌来修复受损的生精细胞，恢复正常生精功能，从而减少畸形精子的产生。
精子畸形治疗方法，首先，如果是男性因为生殖道出现了感染，而导致了精子出现异常，时候应该进行抗炎治疗；如果是因为男性的内分泌出现了异常，就应该是调整自身的内分泌的功能；如果是男性不想进行长时间的调整，可以用一些裴尔科密度梯度离心法，对精液中的精子进行分离，通过这种方法可以找到形态正常的精子，再进行人工授精，这也是一个办法。
弱精畸形精子可以通过手术的方式来进行治疗，当生殖道有感染造成附属生殖腺机能损害时，可以进行先天性精囊缺乏无疗，或者是管阻塞可行手术治疗。还可以通过促性腺激素降低或雄激素减少可行激素替代治疗，生殖道感染行抗感染的治疗方法。
引起畸形精子的原因有很多的，治疗上要消除不利因素，针对病因进行治疗。由生殖道感染引起畸形精子症的，可进行抗炎治疗；由内分泌异常所致畸形精子症，则给予内分泌功能调整；对精索静脉曲张引起畸形精子症的，可以手术治疗。