肉芽肿性前列腺炎的治疗应根据不同的病因选用药物、局部理疗或手术治疗。多数病例可只观察，无须处理而自愈，但结节的消失需数月至数年。局部及全身感染严重者需抗感染治疗，通常1～3周可以控制症状。若继发于特异性感染，应针对病原菌予以治疗，如抗结核、抗真菌治疗等。
肉芽肿性前列腺炎应该泌尿外科，肉芽肿性前列腺炎的检查的常见项目有：体征检查。实验室检查等，肉芽肿性前列腺炎危害不小，不仅带给病患许多不良症状，甚至会影响其性功能，病患朋友们可千万别忽视，更不要盲目吃药治疗。
多吃苦瓜，苦瓜中含有丰富的维生素C，但不要一次吃得过多。还可以多吃蒜苗，蒜苗含有辣素，对病原菌和寄生虫都有良好的杀灭作用，可以起到预防流感、防止伤口感染、治疗感染性疾病和驱虫的功效。
对性功能和生育的影响：主要表现为性功能减退，如同房时间短或早泄，可能与肉芽肿性前列腺受到炎性刺激有关。阳痿与肉芽肿性前列腺炎的关系尚不肯定，肉芽肿性前列腺炎并不直接损害阴茎勃起的神经-血管功能。长期的不适感在病患心理上产生压力，使他们产生抑制和担心，特别是对不了解本病的病患常会认为自己的性功能有问题。久而久之可能产生精神性阳痿。前列腺炎并发精囊炎时可以出现血精。
肉芽肿性前列腺炎发病机制不明，与局部强烈的异物反应有关。首要因素是前列腺导管阻塞，原因包括细菌感染引发的炎症过程或外科创伤造成的组织坏死，前列腺增生也可能造成或加重前列腺导管的梗阻。感染和炎症破坏导管和腺体上皮，细胞碎片、细菌毒素和前列腺分泌物进入组织间隙，成为基质内异物，激发肉芽肿性炎症反应。肉芽肿性炎症可能是局限的，也可能累及整个前列腺。
表现为严重的下尿路感染症状，如发热、寒战、尿频、尿道烧灼感、尿痛，偶见血尿、会阴痛、耻骨上不适。肉芽肿性前列腺炎肿块一般发展较快，结节较大，有弹性，不规则，软硬不一致。