肾脓肿的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗，疗程通常要半年以上，需要配合做引流治疗，治好后，多不会复发。另外平时饮食要清淡，不要吃辛辣刺激的食物，注意合理睡眠。
对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。外科手术治疗，适用于脓肿经久治不愈，脓腔不缩，感染不能控制，手术无禁忌症者。
对症治疗，应用碱性类的药物，可降低酸性尿液对膀胱的刺激，抑制平滑肌细胞类的药物，可解除膀胱痉挛和缓解刺激症状。腹腔镜下肾脏囊肿去顶减压手术，手术创伤小、恢复快。另外，如果是不能耐受手术治疗的患者可以采用囊肿穿刺抽液治疗。
肾脓肿多和细菌感染有关的，如果是普通的细菌感染，则属于比较容易治好的，如果是结核分枝杆菌所致的改变，则治疗比较困难的，疗程通常要半年以上的，这种疾病的治疗，应该先判断感染的病原体，然后选择合适的药物治疗的，多需要配合做引流治疗的，治疗后，多不会复发的。
手术治疗，一般可采用囊肿去顶减压术，此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展；基因活肾逆转法，首先根据病情运用稀有植物草菌与精选中药配伍，运用现代中医科学通过肠道吸收进入肾脏组织细胞，诱导肾基因，修复缺损的基因，促进修复肾功能。
