常见的导致精子畸形的原因主要是泌尿生殖系统的疾病，比如尿路感染，精索静脉曲张，睾丸炎等，这些病因只要能够得到很好的治疗，精子畸形的情况就能够得到恢复，形成正常的精子。生活方式不健康也是导致精子畸形的一大原因，现在人的生活方式及不健康，长期熬夜，大量饮酒等。
精子畸形率高的原因有酗酒吸烟会导致精子畸形，泌尿生殖系统感染，是造成精子畸形的一个主要的原因，内分泌紊乱化学制剂环境污染以及辐射等因素，都很可能会造成精子畸形的发生。
泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等，它们均可影响精子的质量，阴囊局部长期高热、长期酗酒（特别是高浓度的烈性酒），均可使精子发生畸变，使用激素或某些化学药物，如抗癌药、利血平、马利兰、呋喃类等，可使精子发育不成熟；生殖腺受到放射线照射。
引起男性精子畸形的原因有很多。比如生活不规律，经常熬夜，抽烟喝酒，工作环境有污染等都会导致精子发生畸形。泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张均可导致畸形精子增加。
酗酒会造成酒精中毒会损伤精子，导致精子畸形。吸烟会使畸形精子发生率明显的增高。如果每日抽烟多于30支，那其畸形精子发生率就会变的更高，由于存在泌尿生殖感染疾病，精液中的营养物质就会大大的减少，导致精子发生畸形或是直接死亡。
临床上引起精子畸形的原因有很多，精子的形成主要是在睾丸内形成，并且受到体内内分泌激素的调控，当体内的雄性激素水平降低时，容易引起精子活力下降，精子产生畸形。另外如果造成精索静脉曲张引起的睾丸淤血，使得睾丸缺血，缺氧也会引起精子畸形增高。