肾脓肿的治疗费用在1万-3万元左右，根据不同的医院，收费标准不一样，患者病情的不同，治疗方法也是会有差别的，如果脓肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，引起尿路梗阻，则需要行脓液抽吸术并囊内注射硬化剂。如果脓肿巨大，直径超过10cm则可能需要手术治疗，具体费用因人因病情因地区和医院而异。
肾脓肿需要去泌尿外科进行药物的对症处理，如果使用了敏感的、高效的药物，可以在一个星期内缓慢的消失，从而得到完全的治愈。
积极治疗一星期以后，抗生素的应用依然没有任何作用，脓肿没有消失，也没有继续扩张，蔓延，会引起发烧，寒战等症状，这是因为保守疗法不管用，需要更换抗生素，还要做B超和CT引导下的抽吸引流，这样才能将脓液从脓腔内排出，并且在初期应用一些抗生素。
切除治疗术，早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，观察肾功能恢复情况若肾功能恢复鵻，则矫治梗若，功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术；保守治疗，选择敏感有效的抗生素，有助于将脓肿控制，消灭在早期阶段。
药物治疗结合早期的引流。传统的治疗提倡切开脓肿引流，在超声或CT引导下经皮穿刺安置适当大小的引流管也可以。如经皮引流无效时，必须及时切开引流或作肾切除术。对于肾周脓肿来说，仅用抗生素治疗是不够的。
肾脓肿主要是抗炎治疗，必要时手术治疗或引流手术治疗，抗炎口服药物，配合治疗。个体差异的不同，每个人治疗后的效果也不同，如病情没有大的起色，还需及时的去医院再次诊治，让医生依据病情，及时的调换药物，使病情得到合理的治疗，从而减轻不良症状。
