药物治疗，主要是使用抗生素药物，对于肾囊肿染病病因进行用药，控制症状；微化中药渗透疗法，该疗法的中药活性物质促使囊壁上的血液循环与通透性发生质的改变，使囊内液直至不再分泌。
肾脓肿采用下面的方法治疗比较好：首先进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿依然在扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。如果错过了最佳的治疗时间，进入终末期肾功能衰竭时，应立即予以透析治疗，首选血液透析。多囊肾的肾移植生存率与其他原因而施术者相仿，但因同时伴发的疾病，增加了术后处理的困难，影响移植效果。
肾脓肿的治疗方法是：首先要进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。开放性手术治疗。肾囊肿有了治疗的指证，但是经过穿刺打硬化剂等治疗方法效果欠佳，只能采用开放性的手术治疗。这种治疗方法有它的优点，就是治疗得比较彻底，但是也有它的缺点，就是创伤比较大，而且麻醉的过程中也有意外的可能性。有些肾囊肿可能合并有感染，在手术治疗之前，一定要给予抗生素抗感染治疗，待感染控制了以后再行手术治疗。不然容易引起菌血症或者是败血症。
肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以在B超或者ct的引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。对肾囊肿的治疗需要视具体情况而定，如果囊肿直径较小或为单纯性肾囊肿，一般对肾功能和周围组织影响不大，因此不需治疗，只要6个月到1年随诊。但如果囊肿直径较大，超过5cm或产生周围组织压迫症状，引起尿路梗阻，则需要行囊液抽吸术并囊内注射硬化剂。
肾脓肿主要是抗炎治疗，必要时手术治疗或引流手术治疗，抗炎口服药物，配合治疗。个体差异的不同，每个人治疗后的效果也不同，如病情没有大的起色，还需及时的去医院再次诊治，让医生依据病情，及时的调换药物，使病情得到合理的治疗，从而减轻不良症状。
药物治疗，主要是使用抗生素药物，对于肾囊肿染病病因进行用药，控制症状；介入疗法，在超声引导下，细针经腹壁穿刺到病变组织内，注入药液让病变组织在原位灭活、萎缩、纤维化的治疗。