治疗精子畸形可以从补充锌和硒着手，服用含有丰富的微量元素锌和硒，使用可避免有害物质伤及生殖系统，维持精子细胞的正常形态，促进健康精子的生成，降低畸形的精子生成。
引起畸形精子的原因有很多，因此畸形精子症的治疗要消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。由生殖道感染引起畸形精子症的，可进行抗炎治疗；由内分泌异常所致畸形精子症，则给予内分泌功能调整；对精索静脉曲张引起畸形精子症的，应考虑手术治疗。畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。喝点中药或者是吃点中成药，调理，都是可以的。锻炼身体，劳逸结合，避免烟酒刺激。
精子畸形精子症是正常形态的精子少于50%，即精液中畸形精子超过50%。畸形精子是指头、体、尾的形态变异，头部畸形有巨大头、无定形、双头等；体部畸形有体部粗大、折裂、不完整等；尾部畸形有卷尾、双尾、缺尾等。目前没有特别有效的治疗方法，可以尝试试管婴儿。
正常精液中也是含有畸形的精子的，如果畸形精子的所占的百分比高会影响男性的生育。对于有畸形精子的症状来说还是要先到正规的医院进行检查和确诊的，然后根据检查的结果针对性的治疗。
可根据引起畸形精子的原因，消除不利因素，针对病因进行治疗。由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，对精索静脉曲张者，应考虑手术治疗。
需要先查明精子畸形的原因，才能快速有效的治疗。影响到精液畸形的因素很多如：慢性前列腺炎、精囊腺炎、附睾炎、睾丸炎、精索静脉曲张等。可以到医院在医生的指导下进行进一步检查，以明确病因病情，进行针对性治疗，以达到理想的治疗效果。